回答：
これはCamtasia Studio4.0.1の既知の問題です。
次の操作をお試しください。

1. [ファイル ＞ オーディオの保存 ＞ Wav形式でオーディオを保存]を選びます。
2. 現在のプロジェクトを選択し、[編集 ＞オーディオ ＞無音で置換]を選びます。
3. プロジェクトへ手順1で作成したファイルを追加します。
4. 必要な設定でFlashを書き出します。

この問題は、次期バージョンで修正予定です。