回答：
バージョン3.1.2/3.1.3でSWF/FLV形式で停止を指定した場合の既知の問題です。
この現象を回避するためには、現在のプロジェクトのフレームレートを1フレーム増やします。

あるいは、不可視の吹き出しを最後のフレームに配置する方法があります。
不可視の吹き出しを配置するには・・・

• ビデオで最後のフレームをクリックします。
• 作業一覧から[吹き出し]をクリックし[吹き出しの追加]を選びます。
• 吹き出しのタイプを[Transparent Hot Spot.]を選びます。
• [Flashホットスポットの作成]を選択します。
• [Flashホットスポットのプロパティ]をクリックします。
• 必要なオプション（移動先URL、クリックして続行）を選びます。
• OKをクリックします。